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Der virtuelle Kurs "Whole Genome Sequencing of Bacterial Genomes: Tools and Applications - Virtual Course - Coursera", ist ein Kurs mit unterschiedlichen Inhalten und bietet Videokurse von ca. 7 Stunden zu absolvieren. Erkunden Sie die wesentlichen Funktionen und klicken Sie auf die orangefarbene Schaltfläche, um detaillierte Informationen zur E-Learning-Plattform von Coursera zu erhalten
Dieser Kurs behandelt das Thema Whole Genome Sequencing (WGS) von Bakteriengenomen, das für den medizinischen Bereich immer relevanter wird.
Die WGS-Technologie und -Anwendungen stehen ganz oben auf der internationalen politischen Agenda, da klassische Methoden durch die WGS-Technologie ersetzt werden und daher Bioinformatik-Tools äußerst wichtig sind, damit die in diesem Sektor tätigen Personen die Daten analysieren und interpretierbare Ergebnisse erhalten können.
und wird für unterschiedliche Zwecke verwendet.
Der Kurs vermittelt den Studierenden eine Grundlage, um WGS-Anwendungen in der bakteriellen Überwachung zu verstehen und sich mit ihnen vertraut zu machen, einschließlich Artenidentifikation, Typisierung und Charakterisierung von antimikrobiellen Resistenzen und Virulenzmerkmalen sowie Plasmidcharakterisierung.
Es wird den Schülern auch die Möglichkeit geben, mehr über die Online-Tools zu erfahren und wofür sie verwendet werden können, durch Demonstrationen zur Verwendung einiger dieser Tools und Übungen, die die Schüler mit frei verfügbaren WGS-Analysetools lösen können.
Am Ende dieses Kurses sollten Sie in der Lage sein: 1.
Beschreiben Sie die allgemeinen Prinzipien bei der Typisierung von Bakterien 2.
Nennen Sie Beispiele für Anwendungen der Gesamtgenomsequenzierung zur Überwachung von bakteriellen Krankheitserregern und Antibiotikaresistenzen 3.
Anwendung genomischer Werkzeuge für die Subtypisierung und Überwachung 4.
Definieren Sie das Konzept der Sequenzierung der nächsten Generation und beschreiben Sie NGS 5-Sequenzierungsdaten.
Beschreiben, wie eine De-novo-Assemblierung von Raw-Reads zu Contigs durchgeführt wird 6.
Nennen Sie die Methoden hinter den Werkzeugen zur Artenidentifikation, MLST-Typisierung und Resistenzgenerkennung 7.
Wenden Sie die Tools zur Artenidentifikation, MLST-Typisierung und Erkennung von Resistenzgenen in realen Fällen anderer Bakterien- und Pathogengenome an.
8.
Beschreiben Sie die Methoden hinter den Typisierungstools für Salmonella und E.
coli, Plasmid-Replikon-Nachweis und Plasmid-Typisierung 9.
Verwenden Sie die Tools zum Eingeben von Salmonella und E.
coli, Plasmid-Replikon-Nachweis und Plasmid-Typisierung in realen Fällen aus anderen Bakterien- und Pathogengenomen.
10
Erklären Sie das Konzept und können Sie die integrierte Bakterienanalyse-Pipeline für die Batch-Analyse und Typisierung von genomischen Daten verwenden 11.
Demonstrieren Sie, wie Sie einen Stammbaum basierend auf SNP 12 erstellen.
Wenden Sie das phylogenetische Werkzeug an, um phylogenetische Bäume zu erstellen und die Beziehung zwischen Bakterien oder pathogenen Stämmen zu erklären 13.
Beschreiben Sie, wie Sie Ihre eigene Sequenzdatenbank erstellen 14.
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Technische Universität Dänemark (DTU)
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